No quadro do Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado (PRACE), aprovado pela Resolução do Conselho de Ministros n.º 39/2006, de 21 de Abril, e da Lei Orgânica do Ministério do Trabalho e da Solidariedade Social, aprovada pelo Decreto-Lei n.º 211/2006, de 27 de Outubro, a orgânica do IEFP, IP, veio a ser aprovada pelo Decreto-Lei n.º 213/2007, de 29 de Maio, com as alterações introduzidas pelo Decreto-Lei n.º 157/2009, de 10 de Julho, tendo os respectivos Estatutos, que estabelecem a sua organização interna, sido aprovados pela Portaria n.º 637/2007, de 30 de Maio, republicada pela Portaria n.º 570/2009, de 29 de Maio.
A estrutura organizativa do IEFP, IP, compreende expressamente órgãos de gestão ao nível central e regional, sendo definidos como órgãos centrais o Conselho de Administração, o Conselho Directivo e a Comissão de Fiscalização e como órgãos regionais a Delegação Regional e o Conselho Consultivo Regional.
Possui uma gestão tripartida, assegurada pela participação no Conselho de Administração, na Comissão de Fiscalização e nos Conselhos Consultivos de representantes da Administração Pública e dos parceiros sociais com assento efectivo na Comissão Permanente de Concertação Social, facto que constitui, face à generalidade dos institutos públicos, uma particularidade.
De acordo com o previsto na Portaria n.º 637/2007, de 30 de Maio, que define o funcionamento dos órgãos do Instituto e regula a organização e estrutura orgânica dos Serviços Centrais e Regionais e as competências das suas Unidades Orgânicas, os Serviços Centrais do IEFP, IP, integram as Unidades Orgânicas de apoio técnico, administrativo e financeiro aos órgãos do Instituto e aos Serviços Regionais - ver organograma dos Serviços Centrais.
Os Serviços Regionais do IEFP, IP, são organizados de forma desconcentrada, em função das áreas territoriais de actuação que correspondem ao nível II da Nomenclatura de Unidades Territoriais para Fins Estatísticos (NUTS), englobando 5 Delegações Regionais.
A estrutura orgânica das Delegações Regionais compreende os Serviços de Coordenação, constituídos por Unidades Orgânicas que prestam apoio técnico, administrativo e financeiro à Delegação Regional, e as Unidades Orgânicas Locais (Centros de Emprego, Centros de Formação Profissional, Centros de Emprego e Formação Profissional e Centro de Reabilitação Profissional) - ver organogramas.